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现行实施条例共48条，修订草案征求意见稿共48条，其中修改25条，删除19条，新增19条，主要修改了以下几个方面的内容：
一、修订了境内所得范围。
明确在中国境内开展经营活动而取得与经营活动相关的所得、转让对中国境内企事业单位和其他经济组织投资形成的权益性资产取得的所得，以及由中国境内单位和个人支付或负担的稿酬所得和偶然所得等所得，为来源于中国境内的所得；规定国务院财政、税务主管部门可对来源于中国境内的所得范围作出调整。
二、完善纳税人的规定。
新税法将居民个人的时间判定标准由一年调整为183天。对构成居民纳税人身份不满五年的无住所个人，其取得来源于境外且不是由中国境内企业和个人支付的所得不需要缴纳个人所得税，从构成居民纳税人的第六年起，就其全部境外所得缴纳个人所得税。规定在中国境内无住所个人，构成居民纳税人连续不满五年或满五年但其间有单次离境超过30天情形的，其来源于中国境外的所得，经向主管税务机关备案，可以只就由中国境内企业和个人支付的部分缴纳个人所得税；构成居民纳税人满五年，且在五年内未发生单次离境超过30天情形的，从第六年起，中国境内居住累计满183天的，应当就其来源于中国境外的全部所得缴纳个人所得税。
三、完善应税所得范围。
（一）完善经营所得范围。
明确个人通过个人独资企业、合伙企业取得的所得纳入经营所得，同时，按照新税法的规定，将个人承包、承租、转包、转租取得的所得纳入经营所得。规定个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人以及其他从事生产、经营活动的个人的经营所得，减除费用6万元、专项扣除以及依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）增加视同转让财产的规定。
明确个人非货币性资产交换以及将财产用于捐赠、偿债、赞助、投资等用途的，除国务院财政、税务主管部门另有规定外，应当视同转让财产，对转让方按“财产转让所得”征税。
（三）明确依法确定的其他扣除的范围。
居民个人的综合所得的应纳税所得额，可以减除依法确定的其他扣除。条例规定依法确定的其他扣除，包括个人缴付符合规定的企业年金、职业年金，个人购买符合规定的商业健康保险、税收递延型商业养老保险的支出，以及国务院规定可以扣除的其他项目。
（四）完善境外所得计税方法和税收