1、定义不一样：执业医师是具有医师执业证及其“级别”为“执业医师”且实际从事医疗、预防保健工作的人员。全科医师是经过全科医学专门训练、学习，取得了全科医师执业资格证书，工作在基层的临床医生。

2、服务不一样：全科医师对个人、家庭和社区提供优质、方便、经济有效的、一体化的基层医疗保健服务，其服务对象涵盖不同性别、年龄的人。执业医师相对来说要更为严谨一些，履行防病治病、救死扶伤、保护人民健康的神圣职责。

3、类别不一样：执业医师类别分为临床、中医、口腔和公共卫生。中医类包括中医、民族医和中西医结合，其中，民族医又含蒙医、藏医、维医、傣医、朝医、壮医。全科医师分类就没那么细了，比较笼统，因此在某些情况下其专业性也没有执业医师那么强。