1.目标和对象不同

对政府的财政收支或者国有金融机构和企事业组织财务收支进行审计，确定其是否真实、合法和具有效益

注册会计师依法对企业财务报表进行审计、确定其是否符合会计准则和相关会计制度，是否公允反映了财务状况、经营成果和现金流量

2.标准不同

依据是《中华人民共和国审计法》和审计署制定的国家审计准则

依据是《中华人民共和国注册会计师法》和财政部批准发布的注册会计师审计准则

3.经费和收入来源不同

政府审计是政府行为，政府机关履行职责所必须的经费，列入同级财政预算，由同级人民政府予以保证

注册会计师审计是市场行为，是有偿服务，费用由注册会计师和审计客户协商确定，但是注册会计师在发表审计意见时，独立性不能受到干扰

4.取证权限不同

政府审计具有更大的强制力。各有关单位和个人应当支持、协助审计机关的工作，如实向审计机关反映情况，提供有关证明材料

注册会计师审计受市场行为的局限，在获取审计证据时，很多程度上有赖于企业及相关单位配合和协助，对企业及相关单位没有行政强制力

5.对发现问题的处理方式不同

审计机关对违反国家规定的财政收支、财政收支行为可在职权范围内做出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚意见

注册会计师对审计过程中发现的问题只能提请企业调整有关数据或进行披露，没有行政强制力；如果企业拒绝调整和披露。注册会计师需要根据具体情况予以反映，具体表现为出具保留意见或否定意见的审计报告