付款单位审查有关单证后，认为所发货物的品种、规格、质量等与双方签定的合同不符或者因其他原因对收款单位委托收取的款项需要全部或部分拒绝付款的，应在付款期内出具“委托收款结算全部或都分拒绝付款理由书”(以下简称“拒绝付款理由书”)，连同开户银行转来的有关单证送开户银行。
“拒绝付款理由书”一式四联，第一联(回单或支款通知)作付款单位的支款通知；第二联(支款凭证)作银行付出传票或存查；第三联(收款凭证)作银行收入传票或存查；第四联(代通知或收帐通知)作收款单位收帐通知或全部拒付通知书。
付款单位出纳员在填写“拒绝付款理由书”时，除认真填写收款单位的名称、账号、开户银行，付款单位的名称、账号、开户银行，委托收款金额，附寄单证张数等外，对于全部拒付的，“拒付金额”栏填写委托收款金额，“部分付款金额”栏的大小写都为零，并具体说明全部拒绝付款的理由；若部分拒付的，“拒付金额”栏填写实际拒绝付款金额，“部分付款金额”栏填写委托收款金额减去拒绝付款金额后的余额，即付款单位实际支付的款项金额，并具体说明部分拒付的理由，并出具拒绝付款部分商品清单。填完后，在“付款人盖章”处加盖本单位公章，并注明拒付日期。
按照规定，银行对收到的付款单位的“拒绝付款理由书”连同委托收款凭证第五联及所附有关单证，不审查拒绝付款理由，只对有关内容进行核对，核对无误即办理有关手续，实行部分拒付的，将部分付款款项划给收款单位，“在拒绝付款理由书”第一联上加盖业务专用章退还给付款单位，将“拒绝付款理由书”第四联寄给收款单位开户银行由其转交收款单位。
付款单位收到银行盖章退回的“拒绝付款理由书”第一联后，全部拒绝付款的，由于未引起资金增减变动，因而不必编制会计凭证和登记账簿，只需将“拒绝付款理由书”妥善保管以备查，并在“委托收款登记簿”上登记全部拒付的情况。如果拒绝付款时，对方发出的货物已到收到，则应在“代管物资登记簿”中详细登记拒绝付款物资的有关情况。对于部分拒绝付款的，应当根据银行盖章退回的“拒绝付款理由书”第一联，按照实际部分付款金额编制银行存款付款凭证，其会计分录和全部付款会计分录相同。
例：S公司收到开户银行转来T公司的委托收款凭证及有关单证后，经过审查只承付其中的100000元，对其余80000拒绝付款，按规定填写“拒绝付款理由书”并送银行办理有关手续后，根据银行盖章退回的“拒绝付款理由书”第一联编制银行存款付款凭证，其会计分录为：
借：商品采购 85470．09
应交税金——应交增值税(进项税额) 14529．91
贷：银行存款 100000
收款单位收到开户银行转来的付款单位的委托收款凭证第四联和“拒绝付款理由书”第四联(如部分拒付的还附有拒付部分商品清单及有关单证)，应立即与付款单位取得联系，协商解决方法，对于全部拒付的，如果由付款方退回所购货物，收款单位应编制转账凭证，冲减原有销售收入，其会计分录为：
借：产品销售收入或商品销售收入等
应交税金——应交增值税(销项税额)
贷：应收账款
如果经过协商由收款单位用其他产品或商品替换原产品或商品，或者给予对方一定的销售折扣，则收款单位重新办理委托收款手续，可以冲减原有销售收入，然后按照新的委托收款凭证重新进行会计处理，也可以在原有销售收入基础上进行会计处理。比如经过协商，收款方同意给予对方额外的销售折扣，则收款方重新办理委托收款手续，收款方可以冲销原有销售收入，然后按照新的委托收款金额编制转账凭证，确定销售收入。
例：T公司采用委托收款方式向S公司销售商品180000元，S公司以商品品种不符要求予以全部拒付，经过协商，T公司同意给予S公司20％的销售折让，T公司重新办理委托收款手续。这时T公司首先应据据“拒付理由书”等有关凭证编制转帐凭证，冲销原有销售收入，然后按新的委托收款凭证重新确定销售收入，冲销时，作会计分录：
借：产品销售收入 153846．15
应交税金——应交增值税(销项税颠) 26153．85
贷：应收帐款—— S公司 180000
按照新的委托收款凭证确定销售收入，其会计分录为：
借：应收帐款——S公司 144000
(180000一180000×20％)
贷：产品销售收入 123876．93
应交税金——应交增值税(销项税额) 20923．07
实际收到款项时，按实际收到金额编制银行存款收款凭证，其会计分录为：
借：银行存款 144000
贷：应收账款——S公司 144000
对于部分拒付的，应于实际收到付款单位所付部分款项时，编制银行存款收款凭证，其会计分录为：
借：银行存款
贷：应收帐款——××单位
对方拒付后退回拒付部分货物的，应编制转账凭证，冲销拒付部分销售收入，其会计分录为：
借：产品销售收入或商品销售收入等
应交税金——应交增值税(销项税额)
贷：应收账款——××单位
如果经过协商，对于拒付部分给予销售折让的，可重新办理委托收款手续，其处理方法同全部拒付相同。
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